העיקרון העובד של מעקר מושג בעיקר באמצעות העקרונות הבסיסיים של תרמודינמיקה ומיקרוביולוגיה. Sterilizer הורג מיקרואורגניזמים, בעיקר חיידקים, וירוסים ושמרים, על ידי חימום. טמפרטורה גבוהה יכולה להרוס את מבנה התא של מיקרואורגניזמים ולגרום להם לאבד את הפעילות הביולוגית שלהם. מעקרים יכולים בדרך כלל לשלוט במדויק על הטמפרטורה של הפריטים המעובדים כדי להבטיח עיקור יעיל תוך צמצום ההשפעות השליליות על איכות המוצר.
